L’encefalitozoonosi è una patologia sostenuta da un microrganismo, Encephalitozoon cuniculi, che colpisce prevalentemente il coniglio ma anche altri mammiferi ed uccelli. Benchè la sintomatologia più grave si riscontri nella specie in oggetto, l’infezione raramente può colpire anche l’uomo, con gravi conseguenze nel caso di particolare compromissione del sistema immunitario.
Encephalitozoon cuniculi viene eliminato con le urine dagli animali infetti, mediamente un mese dopo il contagio, in forma di spore. Queste, raggiunto un nuovo organismo, danno inizio ad una fase replicativa che scatena reazioni infiammatorie in diversi distretti anatomici. Il sistema nervoso ed i reni sono maggiormente colpiti; non è raro, tuttavia, osservare anche lesioni epatiche, cardiache ed oculari.
La maggior parte degli animali (si stima una positività anticorpale pari all’80% dei conigli) benchè abbia avuto contatto con il parassita non va incontro alla malattia in quanto il sistema immunitario è in grado di tenere sotto controllo la replicazione del microrganismo.
Gli esemplari più deboli possono invece andare incontro ad una sintomatologia anche grave che può condurre alla morte.

Le lesioni al sistema nervoso si manifestano spesso con rotazione della testa di grado variabile (il coniglio sembra guardare il soffitto con un occhio), episodi convulsivi, tremori, incoordinazione dei movimenti. Il danno renale comporta disidratazione, aumento della sete e della produzione di urina. Le lesioni oculari consistono prevalentemente in quadri di uveite.
La diagnosi è spesso di sospetto, essendo i segni clinici comuni a numerose altre patologie.
Gli esami di laboratorio sono di scarso supporto. In ragione del fatto che la maggior parte dei conigli clinicamente sani risulta positiva ai test sierologici e che il titolo anticorpale ha un andamento non correlabile al grado di attività dell’infezione, un risultato negativo si configura come un indicatore più significativo che consente l’esclusione della patologia dalle diagnosi differenziali.
La terapia, di efficacia variabile in base ai danni tissutali provocati dal parassita, consiste nella somministrazione prolungata di albendazolo o fenbendazolo, antibiotici di copertura ed antinfiammatori. Fondamentali sono l’alimentazione, anche forzata, mediante l’utilizzo di preparati specifici, nel caso di soggetti anoressici o impossibilitati nell’agevole prensione del cibo e la somministrazione di immunostimolanti.